元スーパー・ヒーローのMr.インクレディブルは、いまでは平凡なサラリーマン。同じく元スーパー・レディーで彼の妻インクレディブル夫人も、3人の子供たち、ヴァイオレット、ダッシュ、ジャック・ジャックと「普通の生活」を送っていました。それは15年前、彼らのパワーは危険だと市民から訴えられ、スーパー・ヒーローとしての活動を禁止されたからです。

スーパー・ヒーロー時代の大活躍が忘れられないMr.インクレディブルに、ある日謎の美女ミラージュから極秘任務の依頼がやってきます。彼は家族に内緒でこの任務をうけることにし、カリスマ・デザイナーのエドナ・モードが作ったスーパー・スーツを着て出かけるのでした。

彼の任務は小さな島でロボットを倒すこと。しかしなんと、そのロボットを作った発明王シンドロームはスーパー・ヒーローの全滅をたくらんでいました。一方、エドナ・モードの家で夫がヒーロー活動をしていることを知ったインクレディブル夫人は、彼を心配しジェット機で島に向かいます。ヴァイオレット、ダッシュが乗り込んでいることも知らずに・・・。